Madrasah Tsanawiyah (MTs) Hasanuddin Pare didirikan pada tahun 1981 sebagai lembaga pendidikan yang bertujuan mencetak generasi berilmu dan berakhlak mulia. Pada awal berdirinya, MTs Hasanuddin Pare berlokasi di Jl. Gede II dengan kepala madrasah pertama, Ahmad Ridhowi, yang memimpin selama satu tahun. Meskipun masih dalam tahap perkembangan, madrasah ini mulai dikenal masyarakat sebagai salah satu lembaga pendidikan Islam yang berkomitmen terhadap kualitas pembelajaran dan pembinaan karakter peserta didik.
Pada tahun 1982, kepemimpinan madrasah dilanjutkan oleh Drs. Samsul Hadi, M.Pd.I yang menjabat hingga tahun 1992. Di bawah kepemimpinannya, MTs Hasanuddin Pare mengalami berbagai perkembangan, baik dari segi jumlah siswa maupun sarana pendidikan. Selanjutnya, pada tahun 1993, madrasah berpindah lokasi ke Jl. Kelapa, Jombangan dan dipimpin oleh Khoiruddin, S.Ag. Dalam perjalanan sejarahnya, MTs Hasanuddin Pare juga pernah mengalami perpindahan sementara ke SD Pare selama enam bulan sebelum akhirnya kembali menempati lokasi di Jl. Kelapa, Jombangan untuk melanjutkan kegiatan belajar mengajar secara lebih stabil.
Memasuki era modern, MTs Hasanuddin Pare terus berupaya meningkatkan mutu pendidikan dan pelayanan kepada masyarakat. Pada periode tahun 2020 hingga 2025, madrasah menempati Kampus II Hasanuddin di bawah kepemimpinan Moh. Izzudin, M.Pd.I. Berbagai pembaruan dan pengembangan dilakukan guna menyesuaikan kebutuhan pendidikan masa kini. Kemudian sejak tahun 2025 hingga sekarang, kepemimpinan MTs Hasanuddin dilanjutkan oleh Nur Awalin, S.Pd., yang terus membawa madrasah menuju kemajuan dengan tetap mempertahankan nilai-nilai keislaman dan tradisi pendidikan yang telah dibangun sejak awal berdirinya.